HARMONise: Enhancing interoperability of marine biomolecular (meta)data across Helmholtz Centres
Biomolekulardaten, wie z. B. DNA- und RNA-Sequenzen, bieten Einblicke in die Struktur und Funktionsweise mariner Gemeinschaften im Raum und in der Zeit. Die zugehörigen Metadaten weisen eine große interne Vielfalt und Komplexität auf, und bisher ist das Management biomolekularer (Meta-)Daten in den umweltfokussierten Helmholtz-Zentren noch nicht gut integriert und harmonisiert.
Im Rahmen des HMC-Projekts HARMONise, einem gemeinsamen Projekt der Helmholtz-Zentren AWI and GEOMAR, gefördert innerhalb der HMC Projektkohorte 2021, möchten wir nachhaltige Lösungen und digitale Kulturen entwickeln, um eine hochwertige, standardskonforme Kuratierung und Verwaltung mariner biomolekularer Metadaten am AWI und GEOMAR zu ermöglichen. Dies soll die biomolekulare Wissenschaft besser in breitere digitale Ökosysteme und Forschungsdomänen integrieren. Unser Ansatz basiert auf einer relationalen Datenbank, die Metadaten mit Gemeinschaftsstandards wie den Minimum Information about any (x) Sequence (MIxS) der International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) und zugehörigem Ontologie-Inhalt (z. B. The Environment Ontology - ENVO) in Einklang bringt.
Gleichzeitig stellen wir die Harmonisierung der Metadaten mit bestehenden Helmholtz-Repositorien (z. B. PANGAEA) sicher. Ein Web-Portal für den Metadaten-Upload und das Harvesting ermöglicht eine nachhaltige Datenpflege und unterstützt Forschende bei der Bereitstellung hochwertiger Metadaten für nationale und globale Repositorien, wodurch die Zugänglichkeit der Metadaten verbessert wird.
Metadaten-Teilsets werden durch das Marine Data Portal (https://marine-data.de) geerntet, wodurch die Auffindbarkeit über Forschungsdomänen hinweg erhöht und die Wiederverwendung biomolekularer Forschungsdaten gefördert wird. Die Ausrichtung der erfassten Metadaten mit Gemeinschaftsstandards und relevanten Datenaustauschformaten wird die Interoperabilität von Helmholtz und weltweit unterstützen.
https://helmholtz-metadaten.de/storage/1029/2022-03-30_HARMONise_HMC_Welcome_Meeting.pdf
Publications:
Bienhold, C.; Bayer, T.; Harms, L.; Koppe, R.; Neuhaus, S.; Siebert, I.; Poster presentation ”HARMONise – Enhancing the interoperability of marine biomolecular (meta)data across Helmholtz Centres”, HMC Evaluation, 04.05.2023.
Bienhold, C.; Bayer, T.; Harms, L.; Neuhaus, S.; Koppe, R.; Siebert, I.; Oral presentation “Enhancing the interoperability of marine biomolecular (meta)data across Helmholtz Centres”, HMC Conference, 11.10.2023.
Bienhold C, Harms L, Neuhaus S, Bayer T, Hoving H-J, Koppe R, Wietz M, Metfies K, Poster, “Enhancing the interoperability of marine biomolecular (meta)data across Helmholtz Centres”, HGF POFIV Topic 6 Meeting, Kiel, 21-22 June 2022.
Bienhold C, Harms L, Neuhaus S, Bayer T, Hoving H-J, Koppe R, Wietz M, Metfies K, “Enhancing the interoperability of marine biomolecular (meta)data across Helmholtz Centres”, 7th Data Science Symposium, Helmholtz Zentrum Hereon, Geesthacht, 27-28 June 2022.
Bienhold C, Metfies K, Meyer R, Wietz M, Buttigieg P, „A Molecular Observatory in the Arctic Ocean – On the road from locally to globally FAIRified (meta)data management”, ISME18 Conference. 14-19 August 2022, Lausanne (CH)
Bienhold C, Bayer T, Harms L, Neuhaus S, Koppe R, Poster, “HARMONise – Enhancing the interoperability of marine biomolecular (meta)data across Helmholtz Centres”, HMC Conference 2022, https://doi.org/10.5281/zenodo.718977